根据北方冬季特点，为确保明年春季苗木能够正常生长，而且生长得更好，冬季苗圃应该加强管理，提高苗木各种抗性，使苗木安全越冬，以下管理措施必不可少。
清理
苗木落叶后首先清理苗圃的枯枝、杂草和树叶，对已经有病虫害的枝条进行修剪（如蚧壳虫等），集中进行烧毁，消灭越冬害虫和虫卵，然后把草木灰收集一起进行积肥。这样既减少病虫害传播，又增加肥料的收集，对来年病虫害防治工作起到促进作用。
浇封冻水
苗圃土壤冻结前要及时浇灌封冻水，冻水要浇大浇透，浇水的方法有浇根、沟灌、滴灌、喷灌等，使苗木吸足水分和营养，增加苗木自身的含水量，增强苗木抗冻、抗旱能力（预防生理干旱），同时防止冬季大风干燥苗木失水过多，影响发芽率和成活率。
根部培土
封冻水灌完后封坑（堰），根据苗木大小在苗木根部培起一般直径为80厘米至100厘米，高度在30厘米至50厘米的土堆（有条件的可用炉渣和木屑等培根），用锹拍实，防止苗木根部冻伤。
搭建防风障
在苗圃北侧、西侧、东侧要设立防风障，搭设防风障是防止树木发生冻害的有效措施，可以阻挡寒风，降低风速，使树木减轻冻害。选用材料一般有草帘、彩条布、无纺布、塑料布、铁皮及阳光板等。既要考虑经济适用，又要考虑美观。在北方要根据天气情况建议4月份拆除风障，防止“倒春寒”。
防止损伤
冬季北方苗圃防止苗木损伤很重要，首先防止放牧啃吃树皮以及其他动物啃咬（秋季要对树干涂抹涂白剂，防止动物啃咬），损伤树皮，造成苗木体内水分流失。树皮破损后，有些苗木春季很容易伤流，直接影响苗木质量，还要防止人为破坏的损失。常绿树种树皮破损会影响苗木安全越冬，容易发生冻害。
修剪整形
休眠期乔木分枝以下侧枝进行修剪，减少苗木水分消耗，在起苗时方便、省工省时。重点修剪病虫枝、枯萎枝、内膛枝、弓背枝、交叉枝、重叠枝及分枝角度过小的枝，达到通风、透光，减少病虫害危害的目的，调节苗木长势，达到树形优美。槭树科有些树木休眠期不能修剪，容易发生伤流。修剪后要及时对伤口进行涂抹保护剂处理，防止虫害侵害、病害感染，并促进伤口愈合。